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首页 > 实验服务 > 实时荧光定量PCR(qPCR)>PCR实验代测

PCR实验代测

[商品编号]:PCR001 [市场价]:¥ 180

[CAS]:

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[其它]:[品  牌]:无

[库  存]: 100 个

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产品描述

服务内容:

1.制定个性化实验方案:根据不同的实验目的确定实验方案、选定合适的内参;
2.检测类别:mRNA、miRNA、lncRNA、DNA
3.样本抽提及质检:对客户提供样本进行RNA抽提,并利用NanoDrop进行样本质检;
4.定量PCR预实验:包括样本反转录为CDNA、配置PCR反应体系及进行Real-TimePCR反应;
5.正式定量PCR实验:根据预实验结果进行正式实验;
6.数据分析:采用2- △△CT法进行分析,比较不同样本间差异。

 


服务要求:
1.请提供组织样本,细胞样本,血浆或血清样本,totalRNA;
2.请提供已知的全长基因序列或GeneBank号;
3.请提供尽可能详细的背景资料:DNA/RNA来源、基因丰度等。

 

结果内容:整理好的报告,样本收到之日起5个工作日内反馈质检结果。

结果展示:

样本质检图



溶解曲线:



扩增曲线


数据统计


每个指标有2张图。一张是扩增曲线,另一张是熔解曲线,用来证明PCR扩增中无非特异性扩增



送样运输要求:


1. 样品处理


a. 动物组织:常规组织,脂肪组织,结缔组织,纤维化组织适当增加。将组织剪切成合适大小后(建议组织块长宽高均不大于0.5 cm),然后迅速完全浸泡于5~10倍体积的RNAsolidTM试剂中。(注意:已浸入RNAsolidTM试剂中的组织经平衡一段时间后,可从溶液中取出,切成更小的组织块,再重新放回RNAsolidTM试剂中;有些比较弱的液体渗透性组织如骨头等,不适合用RNAsolidTM试剂进行RNA保护。)


b.植物组织:新鲜的叶、果肉、种子最少100 mg。将嫩叶,嫩茎组织切成合适的大小(建议长宽高均不大于0.5 cm)后,然后迅速完全浸泡于5~10倍体积的RNAsolidTM试剂中。(注意:某些植物组织天生具有的屏障,如叶子表面的蜡层可阻碍RNAsolidTM试剂的渗透,对于此类组织,通常需破坏这些屏障层以允许溶液的浸透。)


c.细胞等样本:收集不小于10^6个细胞的沉淀(用PBS清洗1-2次)。之后迅速加入5~10倍体积的RNAsolidTM试剂。


d.酵母、细菌等样本:离心弃上清,收集小米粒大小的单菌体沉淀,然后迅速加入适量的RNAsolidTM试剂完全浸没菌体沉淀。


e. RNA样品: OD260/280为1.8-2.0,浓度≥100 ng/μL,体积≥20μL,干冰运输。


f.cDNA:cDNA原液≥20 μL,干冰运输。


 2. 样品保存及运输


加入有RNAsolidTM试剂的样本可在37℃保存1~2天,2天以后部分组织中的RNA会开始降解。室温(25℃)稳定保存1周,不会有明显的RNA降解发生。大部分样品置于RNAsolidTM试剂中,4℃条件下可稳定保存1个月,不会有明显的RNA降解发生。长期存放可先将保存在RNAsolidTM试剂中的样本4℃浸透过夜,然后将RNAsolidTM试剂吸出弃去,再将样本放入-20℃或-80℃长期稳定保存3~5年。

 

关于Real-time qPCR如何进行数据分析


1. Real-time qPCR常见参数

基线(baseline)

通常是3-15个循环的荧光信号

同一次反应中针对不同的基因需单独设置基线

阈值(threshold)

自动设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍

手动设置:置于指数扩增期,刚好可以清楚地看到荧光信号明显增强

同一次反应中针对不同的基因可单独设置阈值,但对于同一个基因扩增一定要用同一个阈值。

Ct值:与起始浓度的对数成线性关系。

分析定量时候一般取Ct:15-35。太大或者太小都会导致定量的不准确。

Rn(Normalized reporter)是荧光报告基团的荧光发射强度与参比染料的荧光发射强度的比值。
△Rn:△Rn是Rn扣除基线后得到的标准化结果(△Rn=Rn-基线)。

2. 影响Ct值的关键因素

模板浓度

模板浓度是决定Ct的最主要因素。控制在一个合适范围内,使Ct在15-35之间

反应液成分的影响

任何分子的荧光发射都受环境因素影响----比如溶液的pH值和盐浓度。

PCR反应的效率

PCR反应的效率也会影响Ct值。在PCR扩增效率低的条件下进行连续梯度稀释扩增,与PCR扩增效率高的条件下相比,可能会所产生斜率不同的标准曲线。PCR效率取决于实验、反应混合液性能和样品质量。一般说来,反应效率在90-110%之间都是可以接受的。

3. 如何评估实时定量PCR反应的效果

PCR扩增效率:为了正确地评估PCR扩增效率,至少需要做3次平行重复,至少做5个数量级倍数(5logs)连续梯度稀释模板浓度。


另一个评估PCR效率的关键参数是相关系数R2,它是说明两个数值之间相关程度的统计学术语。如果R2等于1,那么你可以用Y值(Ct)来准确预测X值(量)。如果R2等于0,你就不能通过Y值来预测X值。R2值大于0.99 时,两个数值之间相关的可信度很好。


标准偏差(standard deviation,偏差的平方根)是的精确度计量方法。

如果许多数据点都靠近平均值,那么标准偏差就小;如果许多数据点都远离平均值,则标准偏差就大。实际上,足够多重复次数产生的数据组会形成大致的正态分布。这经常可通过经典的中心极限理论来证明,独立同分布随机变量在无限多时趋向于正态分布。如果PCR反应效率是 100%,那么2倍稀释点之间的平均Ct间隔应该恰为1个Ct值。要以99.7%的几率分辨2倍稀释浓度,标准偏差就必须小于等于0.167。标准偏差越大,分辨2倍稀释的能力就越低。为了能够在95%以上的情况下分辨出2倍稀释,标准偏差必须小于等于 0.250


 

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